平成４年の大学組織の改編により薬学科や保健学科の学生も医学部サッカー部に統合されることになりました。また、広島大学そのものが西条に移転したため平成７年より南グランドが使えなくなりました。大きな変化に晒された期間です。
平成26年にはOB会組織も後援会に改まり、平成30年にはユニフォームを寄贈するなどの援助が積極的に行われ始めました。その甲斐があったのか、平成30年には岩森先生悲願の３４年ぶりの西医体優勝を勝ち取ることができました。
| 昭和61年（１９８６年） | 38 | 滋賀 | 高知医大 | 初戦敗退（滋賀医大） | 田原 浩 | 長岡修司 | 横路謙次郎 |
| 昭和62年（１９８７年） | 39 | 福岡 | 藤井 二郎 | 長岡修司 | 横路謙次郎 | ||
| 昭和63年（１９８８年） | 40 | 名古屋 | 九州大学 | 初戦敗退（九州大学） | 小林理一郎 | 影本正之 | 横路謙次郎 |
| 平成１年（１９８９年） | 41 | 大阪 | ３回戦敗退（岡山大学） | 柴田 論 | 影本正之 | 横路謙次郎 | |
| 平成２年（１９９０年） | 42 | 高知 | 大阪医大 | ２回戦敗退（熊本大学） | 羽路 一 | 横路謙次郎 | |
| 平成3年（１９９１年） | 43 | 富山 | 九州大学 | 初戦敗退（宮崎大学） | 角舎学行 | 石川哲大 | 横路謙次郎 |
| 平成4年（１９９２年） | 44 | 小倉 | 浜松医大 | ３位 | 天野尋暢 | 石川哲大 | |
| 平成5年（１９９３年） | 45 | 名古屋 | 佐賀医大 | 3回戦敗退（佐賀医大） | 田中隆司 | 石川哲大 | |
| 平成6年（１９９４年） | 46 | 神戸 | 浜松医大 | ３位（佐賀医大） | 木村 茂 | 石川哲大 | |
| 平成7年（１９９５年） | 47 | 松山 | 初戦敗退（川崎医大） | 猪口淳一 | 石川哲大 | 西亀正之 | |
| 平成8年（１９９６年） | 48 | 石川 | 九州大学 | ２回戦敗退（九州大学） | 平本哲哉 | 石川哲大 | 西亀正之 |
| 平成9年（１９９７年） | 49 | 宮崎 | ３回戦敗退（九州大学） | 中前敦雄 | 板本敏行 | 西亀正之 | |
| 平成10年（１９９８年） | 50 | 福井 | 2回戦敗退（大阪医大） | 日高貴之 | 板本敏行 | 西亀正之 | |
| 平成11年（１９９９年） | 51 | 大阪 | 2回戦敗退（大阪医大） | 藤森 淳 | 板本敏行 | 西亀正之 | |
| 平成12年（２０００年） | 52 | 島根 | 2回戦敗退（和歌山医大） | 中前稔夫 | 板本敏行 | 西亀正之 | |
| 平成13年（２００１年） | 53 | 北九州 | 初戦敗退（関西医大） | 渋谷早俊 | 板本敏行 | 西亀正之 | |
| 平成14年（２００２年） | 54 | 岐阜 | 熊本大学 | 初戦敗退（長崎大学） | 岩永甲午郎 | 池田 聡 | 菊池 章 |
| 平成15年（２００３年） | 55 | 神戸 | 宮崎医大 | ２位 | 御厨美洋 | 池田 聡 | 菊池 章 |
| 平成16年（２００４年） | 56 | 香川 | 宮崎医大 | ２回戦敗退（大阪大学） | 野田良典 | 池田 聡 | 菊池 章 |
| 平成17年（２００５年） | 57 | 大分 | 岡山大学 | 初戦敗退（和歌山医大） | 渡辺雄介 | 池田 聡 | 菊池 章 |
| 平成18年（２００６年） | 58 | 名古屋 | ２回戦敗退（三重大学） | 豊田和宏 | 池田 聡 | 岡島正純 | |
| 平成19年（２００７年） | 59 | 京都 | 浜松医大 | ２回戦敗退（島根医大） | 東 重慶 | 池田 聡 | 岡島正純 |
| 平成20年（２００８年） | 60 | 広島 | 愛媛大学 | ４位（岡山大学） | 露口勇輔 | 池田 聡 | 岡島正純 |
| 平成21年（２００９年） | 61 | 沖縄 | 浜松医大 | ２回戦敗退（浜松医大） | 今岡祐輝 | 宮田義浩 | 岡島正純 |
| 平成22年（２０１０年） | 62 | 名古屋 | 神戸大学 | 向原伸太郎 | 宮田義浩 | 岡島正純 | |
| 平成23年（２０１１年） | 63 | 大阪 | 藤田保険衛生大学 | 3回戦敗退（福岡大学） | 仲田恭平 | 宮田義浩 | 岡島正純 |
| 平成24年（２０１２年） | 64 | 岡山 | 徳島大学 | ４位（大分大学） | 中野貴之 | 宮田義浩 | 有広光司 |
| 平成25年（２０１３年） | 65 | 福岡 | 浜松医大 | 2回戦敗退（熊本大学） | 上妻陽介 | 宮田義浩 | 有広光司 |
| 平成26年（２０１４年） | 66 | 金沢 | 徳島大学 | 1回戦敗退（関西医大） | 藤解 諒 | 宮田義浩 | 有広光司 |
| 平成27年（２０１５年） | 67 | 大阪 | 徳島大学 | 3回戦敗退（宮崎大学） | 平野達也 | 宮田義浩 | 有広光司 |
| 平成28年（２０１６年） | 68 | 徳島 | 高知大学 | 2回戦敗退（産業医大） | 中山直人 | 宮田義浩 | 有広光司 |
| 平成29年（２０１７年） | 69 | 山口 | 福井大学 | 1回戦敗退（藤田保険衛生） | 松原佑貴 | 宮田義浩 | 安達伸生 |
| 平成30年（２０１８年） | 70 | 三重 | 広島大学 | １位 | 荒牧修平 | 中前稔生 | 安達伸生 |
| 令和１年（２０１９年） | 71 | 大阪 | 関西医大、近畿大 | ３位（同率） | 岡本 | 中前稔生 | 安達伸生 |
2018西医体サッカー部優勝のm3記事
ML総集編第70回西医体優勝
